После перезапуска приложения теряются настройки

Пользователь Windows, работающий с программой, не имеет права доступа на изменение файлов в каталоге <где находится программа>\SYSTEM.

Необходимо предоставить ему такие права для доступа к данному каталогу и всем подкаталогам рекурсивно.

Для предоставления данных прав рекомендуется использовать специальную группу пользователей в домене.