Можно ли в Медиа БД конвертировать фонограммы в другой формат с сохранением разметки, DB ID и Number ID?

Можно. Для этого выделите элементы, кликните правой кнопкой мыши Дополнительно - Изменить формат. После изменения формата у элемента сохраняется DB ID и ID Number.

Из-за разницы в длине семплов у файлов разных форматов, особенно при изменении частоты дискретизации, метки могут сдвинуться.